一类、二类、三类医疗器械许可证在风险程度、管理方式、监管部门、申请条件及处罚规定等方面存在显著区别，具体如下：
一类医疗器械：风险程度最低，通过常规管理即可保证其安全性、有效性。例如，手术刀、手术剪、医用棉签、创可贴等。
二类医疗器械：具有中度风险，需要采取一定措施控制其安全性、有效性。例如，体温计、血压计、制氧机、雾化器等。
三类医疗器械：风险程度最高，通常是植入人体或用于支持生命的，对其安全性、有效性把控极为严格。例如，心脏起搏器、人工关节、血管支架、血液透析装置等。
一类医疗器械：实行备案管理，流程简便。生产企业向所在地设区的市级食品药品监督管理部门提交备案资料即可完成备案，无需取得医疗器械经营许可证。经营活动则全部放开，只需取得工商部门核发的营业执照。
二类医疗器械：生产环节需省级药品监督管理部门审批，经营环节向市级市场监督管理部门申请备案。生产企业需取得《医疗器械生产许可证》，经营企业需取得《医疗器械经营备案凭证》。
三类医疗器械：生产和经营均需经过严格的许可审批。生产企业需向国家药品监督管理局申请生产许可证，经营企业需向省级药品监督管理部门申请经营许可证。
一类医疗器械：由所在地设区的市级食品药品监管部门实行备案管理。
二类医疗器械：由省级食品药品监管部门实行许可管理。
三类医疗器械：由国家药品监督管理局实行许可管理，同时省级和设区的市食品药品监管部门也参与部分监管工作。
一类医疗器械：申请条件相对简单，主要需满足基本的生产条件和质量管理体系要求。
二类医疗器械：申请条件较为严格，需提供营业执照副本、法定代表人身份证明、组织机构代码证、经营场所证明等证件，并需建立质量管理体系。
三类医疗器械：申请条件最为严格，除需满足二类医疗器械的申请条件外，还需购买专业的计算机信息管理系统，并需经过专家审评。
一类医疗器械：对于违规行为，一般处以1万元以下的罚款。
二类医疗器械：对于违规行为，一般处以1万元以上3万元以下的罚款。
三类医疗器械：对于违规行为，一般处以3万元以上5万元以下的罚款。如果情节严重，将会被吊销医疗器械经营许可证。。